ソフトマテリアル計算機シミュレータOCTAについて

OCTAとは、名古屋大学で開発された、ソフトマテリアル計算機シミュレーションツールです。
まだほとんどわからないのですが、なんだか面白そうなので調べています。
（開発者の方、えーかげんな態度でごめんなさい）
また、私は素人なので、きっと嘘が書いてあると思います、ご指摘いただければ幸いです。正しい知識を得ようという目的の方は、どうか裏を取ってくださいね

ソフトマテリアルとは？

材料屋ではないので全くわかっていませんが、「原子や分子などが疎結合された状態」と理解しました。たとえばゲルだとか、分子間力でくっついた水のクラスタのようなものでしょうか。
個人的には、液体クロマトグラフのカラム充填材の中の試料成分の分離とか、電気泳動ゲルのジャングルジムの中をくねくねとくぐりくけるDNAなんかをシミュレーションして、分離条件の最適化に使えたら楽しいかな、なんて思ったりします。

OCTAの特徴、すごいところ

(1)フリーウェアである
　NEDOの助成金で開発されたようですが、公的資金で作られたものは公共に成果を還元するという思想は（当然といえば当然ですが）すごいです。似たようなプロジェクトに、UML統合環境のIIOSを知っていますが、どちらもすばらしいことです。
(2)JAVA環境で動作すること
　Windows、Linuxなど複数のプラットフォームで動きます
(3)統合ユーザインターフェースと、機能別のエンジンという構成になっていること
OCTAには複数の、目的ごとのエンジンがあり、それを統合GUIのgourmetから操作する構造になっている。エンジンは同じパソコンでもよいし、ネットワークの向こうの別のパソコンでもよい。こうすることで、GUIは汎用性の高いJAVAで開発し、エンジンはコンピュータ依存だけど高速に作り、さらには高速なサーバで実行することも可能となっている。もしかしたら複数のコンピュータをリンクした並列処理もできるのかも
もっとも感心したのは、「目的の違うエンジンを無理やり１つのアプリケーションに統合することは、みんなにとって不便となる。そこで、GUIの統一をはかり、GUIを共通プラットフォームとして、エンジンは目的ごとに開発する」という設計思想です。
(4)いろいろなエンジンが用意されていること
まだ把握していませんが、目的に応じていろいろ、あるようです。

Muffinについて

OCTAの総合的な解説はOCTAのサイトに譲ることにして、ここでは私が関心を持っているMufinについて調べてみる
　Muffinは、「多層構造シミュレータ」、温度、圧力、電場などで、高分子流体がどういう挙動を示すかをシミュレートするものである。マイクロ流体電気泳動用のサブシステムもあるようだ
(ちなみに、Muffinなどサブシステムのエンジンの名前は、あるパーティの席で、テーブルの上にあった物で命名するというルールで決められたそうである、他にも、SUSHIとかCognacとかあるようです）

ひきつづきこのソフトウェアを調査してみます
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